El Centro de Investigación de Recursos Acuáticos nace inicialmente como Proyecto ORSTOM en 1981, posteriormente en 1988 cambia a Proyecto de Investigación Ictícola del Beni (PIIB), en el marco de convenios de cooperación interinstitucional entre ORSTOM-UMSA, la Corporación de Desarrollo del Beni (CORDEBENI) y la Universidad Técnica del Beni (en ese entonces). Sin embargo, a través de la resolución N° 002/98 aprobado por el Honorable Consejo Universitario de la Universidad Autónoma del Beni José Ballivián, resuelve la denominación oficial como Centro de Investigación de Recursos Acuáticos (CIRA) en fecha 02 de marzo de 1998. Tiene como objetivo fundamental el desarrollo y fortalecimiento de la investigación científica de los recursos hidrobiológicos y biodiversidad a nivel departamental y nacional, para garantizar la conservación y el manejo sostenible de los recursos naturales.